發酵類制藥廢水處理的典型處理技術分為以下幾類：

1) 鐵碳微電解法：以Fe-C作為制藥廢水的預處理工藝，可大大提高出水的可生化性。采用鐵炭-微電解-厭氧-好氧-氣浮聯合工藝處理醫藥中間體生產廢水，COD的去除率可達20%。

2) 臭氧氧化法：不但能提高抗生素廢水的BOD₅/COD，同時能較好去除廢水中COD。應用臭氧氧化技術對抗生素制藥廢水進行處理。結果表明，在廢水pH值不變的條件下，臭氧氧化過程COD去除率均可達到75%以上。

3) Fenton試劑法：是亞鐵鹽和H₂O₂的組合，在處理青霉素廢水的方面有較好開發前景。Fenton氧化不但能有效的去除廢水中有害有機物質，它同樣也是有效的預處理技術，可以改變有機物成分有利于后續更好的生物降解；并且可以在后續的生物處理過程中能夠減少微生物的毒性。

4) 光催化氧化法：具有新穎、高效、對廢水沒有選擇性且不產生二次污染，因此具有良好的應用前景。對不飽和烴的降解尤其適用。

5) 厭氧法：國內對高濃度有機制藥廢水的處理主要采用厭氧法，但厭氧法一般不能單獨使用要經過進一步的后續好氧生物處理。優點是可直接處理高濃度的有機制藥廢水，產生的甲烷可回收利用，節能且剩余污泥量少。

6) 序批式間歇活性污泥法(SBR) ：已成功應用于制藥工業生產的有機廢水處理中，缺點是污泥沉降、泥水分離時間較長。針對高濃度廢水的處理，往往需要投加粉末活性炭(PAC)來保持較高的污泥濃度，減少泡沫，阻止污泥膨脹的發生，提高污泥沉降性和泥水分離能力、污泥的脫水能力等，從來提高去除效果。例如采用SBR工藝處理青霉素制藥廢水時，可以同時克服傳統好氧工藝能耗高、稀釋水量大和傳統厭氧工藝相比對于預處理要求高、運行管理費用高的缺點。

7) 循環式活性污泥法(CASS法) ：與SBR相比，優點是可以更好的去除對難降解的有機物；進水過程是連續的；比SBR法的抗沖擊能力更好。

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