（1）工業污水處理工程中由于厭氧類型的微生物代謝和繁殖較為緩慢，所以為了增殖構筑物中生物量要花費較長時間去培養，因而厭氧處理工藝啟動時間長，水力停留時間一般都比好氧處理方法長；

（2）一般情況下，工業污水處理工程中厭氧微生物處理法出水水質都不能符合排放標準的要求，需要更進一步處理，因此在厭氧微生物處理法后面需要配合好氧處理工藝一起使用；

（3）工業污水處理工程中厭氧法生物處理工藝流程比好氧的工藝復雜，操作和管理比較復雜；

（4）厭氧類型微生物雖然可以在較低的溫度下生存，但活性較差，廢水溫度低時對處理效果的影響很大，為了保證廢水的處理效果往往需要用外熱源加熱，需要將水溫加熱，一般中溫的厭氧類型的微生物處理廢水的佳溫度（35~38攝氏度）；

（5）厭氧類型的微生物在處理含有硫化物的廢水時，會產生硫化氫，硫化氫是一種具有難聞的氣味的氣體，而且部硫化氫會引起管道及污水站的其他設備的腐蝕；

（6）厭氧類型的微生物處理對廢水沒有硝化作用，為了保證厭氧類型的微生物較高的生物活性，要求NH4+濃度在40到70毫克每升。同時這也決定了單純只采用厭氧的處理方法是無法處理高氨氮的廢水。

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