水產養殖廢水中首要的污染物有氨氮、亞硝酸鹽、有機污染物、磷及污損生物。國內外現已開展了許多水產養殖廢水處理方法，其間包含物理、化學處理辦法和生物膜法、耐鹽植物處理法、人工濕地處理法、沉淀-貝類過濾-藻類吸附的歸納處理法等。此外，還有專門針對懸浮顆粒物的處理辦法。

1、物理處理法

根據水體及水體中污染物的理化性質，采納曝氣、過濾、沉淀、吸附、氣浮等辦法凈化水質，除掉水中懸浮物質或有害氣體。

2、化學處理法

利用化學反應來處理水中的污染物或懸浮膠粒。包含絮凝、中和、絡合、氧化還原、消毒等辦法。

3、生物辦法

利用微生物和自養性植物(如綠色藻類、高等水生植物)改良水質，有助于避免殘餌與代謝產物積累所引起的水質損壞。

3.1活性污泥法

活性污泥法中活性污泥由細菌、原生動物等組成，常見的有酵母、霉菌、草履蟲等。該法的使用前史較長，原理、辦法及工藝技術現已成熟，使用于養殖水處理，去向氮磷的效果比較好，但該法占地大，發生的污泥如處理不好會發生二次污染，而且運行費用高。

現有的生物法中，活性污泥法只在鹽度不高的狀況下有比較抱負的效果，不適于處理海水養殖廢水。

3.2高效菌

雖然改善水質的辦法很多，但因為上述辦法都有一定的缺點，不盡善盡美。所以，在養殖池中施放有益微生物，讓其參與養殖池的生態循環，一方面可改善水體質量，鏟除有機廢物;另一方面可抑制、排斥病原微生物的繁衍生長，到達防治病害的目的。目前，有益菌作為水產凈化劑已是水產養殖的必備，使用范圍極其廣泛。微生態制劑可有用降解有機污染物的細菌有假單胞菌、枯草芽孢桿菌、多粘球菌、硝化細菌、腸道菌群等，它們發揮氧化、氨化、硝化、反硝化、解磷、硫化、固氮等效果，將動物的排泄物、殘存飼料、浮游生物殘體、化學藥物等迅速分解為CO2、硝酸鹽、磷酸鹽、硫酸鹽等，是物質循環活動不行缺少的部分。微生態制劑在水產養殖水質凈化中的效益是潛在的、長期的，是未來研究、開展和使用的首要方向，其遠景十分廣闊。

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