發酵工業的廢水，就好像酒精（即谷氨酸）廢水和賴氨酸廢水中含的硫酸根濃度為200~30000mg/L。在此類工業污水處理中低濃度的硫酸根可作為好氧微生物的無機營養物質，但高濃度的硫酸根對微生物有毒害作用。在甲烷發酵過程中，當有硫酸根存在時，硫酸鹽還原菌會與產甲烷菌爭奪氫，是產甲烷菌得不到氫氣，無法把二氧化碳還原為甲烷氣體。因此在甲烷發酵之前，需要將硫酸根的濃度降低。

硫酸鹽廢水的處理方法包括物理化學和生物處理兩種方法。用物理化學方法就是將硫酸鹽從一種狀態轉化成另一種狀態，雖然并未能徹底去除硫酸鹽，但能將大量硫酸鹽去除，不過此種方法的缺點是資本投入大，漓源環保一般不建議。含硫酸鹽廢水的處理方法一般采用生化處理的方法。

微生物對含硫酸鹽廢水的厭氧處理過程稱為SRB法，在厭氧條件下（氧化還原電位在-250mV以下），硫酸鹽和亞硫酸鹽被還原成硫化氫氣體，隨之硫化氫氣體從水中溢出。就用氫氧化鈉吸收硫化氫氣體生成硫化鈉，可作為工業原料回收。

硫酸鹽還原菌包括了脫硫腸狀菌屬、脫硫葉菌屬、脫硫微菌屬、脫硫假單胞菌屬、脫硫弧菌屬、熱脫硫桿菌屬、脫硫菌屬、脫硫桿菌屬、脫硫球菌屬等。它們均為嚴格厭氧，能還原硫酸成硫單質或硫化氫，能固氮，多生活在厭氧的淡水或海洋底部沉淀物和水中。

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