化學合成制藥產生較嚴重污染的原因是合成工藝比較長、反應步驟多,形成產品化學結構的原料只占原料消耗的5%～15%,輔助性原料等卻占原料消耗的絕大部分,這些原料大部分轉化為“三廢”。因而“三廢”產生量大、廢物成分復雜、污染危害嚴重。化學合成制藥廢水主要來自批反應器的清洗水,清洗水中包括未反應的原材料、溶劑,以及伴隨大量隨化學反應(例如:硝化、氨化、鹵化、磺化、烴化反應）不同而異的化合物。

傳統批反應器是化學合成工藝的主要設備。一批合成藥生產完成后,清洗設備,選用不同的原料、按照不同的配方,就可以生產不同的產品,但也會產生不同的污染物。此外,在化學合成工藝中作為反應和純化使用的多種有機溶劑包括苯氯苯,內酮、氯仿等,也是重要污染源之一?；瘜W合成類制藥廢水的產生來源主要包括：

(1)工藝廢水,如各種結晶母液、轉相母液、吸附殘液等;

(2)沖洗廢水,包括反應器、過濾機、催化劑載體、樹脂等設備和材料的洗滌水,以及地面、用具等的洗刷廢水等;

(3)回收殘液,包括溶劑回收殘液、副產品回收殘液等;

(4)輔助過程廢水,如密封水、溢出水等制藥工業廢水處理;

(5)廠區生活廢水.

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