由于食品加工廢水中的高濃度有機物易生物降解，且無毒性，在食品廢水處理中常采用厭氧生物處理工藝。厭氧處理動力消耗低，并能產生生物能—沼氣，由于厭氧處理是在無氧狀態下進行，所以在反應過程中應采取密封處理，不污染外界環境。厭氧生物處理產生的剩余污泥量較少，同時反應可不連續進行，剩余的污泥可長期保存，因此，厭氧生物處理相比于好氧生物處理具有投資省、不污染環境、產能等特點。但是，厭氧生物處理對于氮、磷的去除率較低，所以出水往往無法達到直接排放水體的要求，需和一些好氧工藝相結合以達到廢水排放的要求。

與好氧生物處理工藝類似，厭氧生物處理工藝也可分為厭氧活性污泥法和厭氧生物膜法。厭氧活性污泥法包括厭氧接觸消化法、上流式厭氧污泥床(UASB)、水力循環厭氧接觸池、膨脹顆粒污泥床(EGSB)等，厭氧生物膜法包括厭氧生物濾池(AF)、厭氧生物轉盤、厭氧膨脹床、厭氧硫化床等。厭氧生物處理工藝在中溫或高溫條件(35℃或55 ℃)下處理效果較好，但是，上流式厭氧污泥床、厭氧生物濾池在常溫15～300℃，有機負荷小于5.0kgCOD/(m3·d)時，COD去除率仍可以達到80%以上，目前，這兩種工藝多用于食品加工廢水的處理。

由于食品加工生產過程產生的廢水量大，其成分復雜多變，單一的處理工藝對不同污染物處理效果不同，采用任何一種處理工藝處理食品加工廢水一般不能滿足其排放要求，所以在實際工程中常常結合兩種或兩種以上的處理工藝相結合的組合處理法處理食品加工廢水，充分發揮各種處理方法的優勢，達到廢水處理高效、高負荷、抗沖擊的目的。包括有氣浮法與活性污泥法相結合的組合工藝、化學法和生物法相結合的組合工藝、厭氧法和好氧法相結合的組合工藝、生物膜法和活性污泥法相結合的組合工藝等。

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