生物制藥廢水可分為提取廢水、洗滌廢水和其他廢水。廢水中污染物的主要成分是發酵殘余的營養物,如糖類、蛋白脂、脂肪和無機鹽類(Ca²⁺、Mg²⁺、K⁺、Na⁺、SO₄²⁺ HPO²、C^-、C₂O₄^2-等),其中包括酸、堿、有機溶劑和化工原料等。以7ACA頭孢噻吩的生產為例,其生產流程主要由發酵、提煉、裂解與縮合四個步驟組成,在每個步驟中又包括苦于個單元操作。

(1)提取廢水：提取廢水是經提取有用物質后的發酵殘液,所以有時也叫發酵廢水。含大量未被利用的有機組分及其分解產物,為該類廢水的主要污染源。該廢水中如果不含有終成品,BOD₅一般在4000-13000mg/L之間。當發酵過程不正常,發酵罐體內出現染菌現象時,導致整個發酵過程失敗,因此為保證下一步的正常生產,必須將廢發酵液與染菌絲體一起排放廢水中,從而增大廢水中有機物及抗生素類藥物的濃度,使廢水中COD、BOD₅值出現波動高峰,一般廢水的BOD5可高達(2-3)×104mg/L。另外,在發酵過程中由于工藝需要采用一些化工原料,廢水中也含有一定的酸、堿和有機溶劑等。

(2)洗滌廢水:洗滌廢水來源于發酵罐的清洗、分離機的清洗及其他清洗工段和洗地面等,水質一般與提取廢水(發酵殘液)相似,但濃度低,一般COD為500-2500mg/L,BOD為200～1500mg/L。 

(3)其他廢水:生物制藥廠大多有冷卻水排放。一般污染段濃度不大,可直接排放,回用則更好。有些藥廠還有酸、堿廢水,經簡單中和可達標排放。 

在生物制藥廢水中,維生素C生產廢水有機污染也十分嚴重,綜合廢水的COD含量可達80000～10000mg/L,含甲醇、乙醇、甲酸、蛋白質、古龍酸、磷酸鹽等物質,廢水偏酸性。

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