養殖污水如果處理不好，不僅僅會影響養殖品種的正常生長，還會對池塘造成很大的二次污染。目前而言，養殖污水處理已經不算是很難的一個污水處理工程。

現階段國內的養殖污水處理一般都是采用格柵去除大塊懸浮物，然后氣浮去除微小型懸浮物，再經過厭氧+好氧生化處理，最后進行沉淀過濾消毒等深度處理，最終達標排放。也有利用厭氧過程中產生的沼氣來利用新能源，以及最后的污泥做生物肥料。

針對養殖尾水的方法有物理處理法和化學處理法：

物理處理法通過利用各種孔徑大小不同的額濾材，阻隔或吸附水中雜質，以保持水質潔凈，目前以機械過濾和泡沫分離處理技術效果尤為明顯，在工廠化規模養殖的尾水處理中獲得廣泛應用。

化學處理法是利用臭氧氧化水產養殖尾水中積累的氨氮、亞硝酸鹽，降低有機碳含量、化學需氧量濃度，去除尾水中多種還原性污染物，起到凈化水質，優化水產養殖環境作用，另外，水產養殖中使用次氯酸鈣、生石灰等化學藥劑作為水質改良劑，對尾水處理后，可提高水產養殖尾水排放的質量，但長期連續使用容易使菌株產生耐藥性，對水產養殖環境造成二次污染。

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