伴隨著制藥工業的發展，由此產生的制藥廢水處理難度也在不斷提升。在制藥廢水的治理上比較常用的方法還是物化法、生化法工藝，然而隨著人們對環境標準的不斷提高，傳統的物化法水處理工藝很難將其處理達標。

物化處理不僅可作為生物處理工序的預處理，還可作為制藥廢水的單獨處理工序或后處理工序。對于不易生化處理或單經生化處理未能達標的制藥廢水，多采用物化法或化學法。目前用于制藥廢水處理的物化方法主要有混凝沉淀、吸附、氣浮和反滲透等。如單獨使用物化法處理制藥廢水難以達標排放，主要還有成本問題，物化法每天所需大量混凝劑和活性炭等給制藥廠帶來了嚴重的負擔。

生化處理技術是制藥廢水廣泛采用的處理技術，包括好氧生物法、厭氧生物法、好氧一厭氧等組合方法。目前，國內外好氧處理制藥廢水比較成熟的方法有活性污泥法、深井曝氣法、吸附生物降解法(AB法)、接觸氧化法、序批式歇活性污泥法(SBR法)、循環式活性污泥法(CASS法)、膜生物反應器等。SBR工藝處理藥廢水，可使COD、pH值及揮發酚均達到排放標準。生物膜法和SBR法相結合的廢水處理工藝具有較強的耐沖擊負荷能力，污泥性能很好，特別適宜于水質、水量波動較大的廢水處理，還可有效地處理含有抗生素類的制藥廢水。生物膜法處理四環素制藥廢水，馴化后的微生物對廢水的處理效率達76.0%，高COD濃度時，配合粉煤灰過濾，COD去除率可達88.0%。其中膜生物反應器由于其工藝流程簡化、處理效率高、剩余污泥產量低、出水水質好、設備占地面積小、便于自動控制、管理簡便等優點，在制藥廢水處理中也有廣泛應用。

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