在工業污水處理過程中，常常會存在對廢水中的病毒的處理。養殖行業廢水中常有清洗糞便廢水，如病雞糞便中含有傳染性法氏囊炎病毒等。食品、制藥和制革廢水會產生霉素。生活污水和醫院廢水中含有腸道病原菌、寄生蟲卵、炭疽桿菌、肝炎病毒、輪狀病毒、SARS冠狀病毒等。就如，每克糞便中約含有104-105個傳染辛肝炎病毒。

污水中對病毒的處理可分為一級處理、二級處理和深度處理。

一級處理時主要用物理處理的方法，如過篩、沉砂、隔渣等來去除砂礫、碎紙、塑料袋及碩大的顆粒物如輕質的木塊等等固體廢物再就是，采用混凝沉淀的方法將廢水中的懸浮物以及膠狀物聚集到一起，使其沉淀下來。才有一級處理，其去除病毒的效果很差，多去除30%。

二級處理就是采用生物處理方法，通過生物吸附、生物降解和生物絮凝過程去除廢水中的有機物、脫氮除磷，二級處理同時也可以對水中的病毒有很好的去除效果，對病毒的去除率高可達99%，病毒被吸附到活性污泥中，由液相轉向固相，轉變成固相后的病毒隨污泥一起沉淀下來。

三級處理是生物處理后進行的深度處理，包括混凝、加藥消毒、臭氧消毒、過濾等，可以進一步去除有機物、脫氮和除磷，同時剩余的病毒在深度處理中被逐漸殺滅，從而使病毒滴度的常用對數值下降4~6。

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