在工業污水處理中主要的處理方式可以分為物理處理方式、化學處理方式及生物處理方式。物理處理方式暫且不表，化學處理法以藥劑處理為主，常見的化學藥劑如混凝劑、絮凝劑、氧化劑、脫色劑、消泡劑等等，能夠針對廢水中不同的污染物質進行專性處理，它的首要效果是去除固體懸浮物質、除臭脫色等，對難降解有機物具有一定的處理效果，還可用于脫氮除磷等。工藝簡單，反應速度快，處理效果理想，對污染物質的作用范圍廣泛，但污水處理藥劑的成本較高，部分化學藥劑如混凝劑等還會產生大量污泥，人工操作及運行管理不便。

生物處理便是菌種處理，水處理菌種是根據污水污染物質種類專門培養出來的，對污水具有特別降解能力的菌群，如常見的硝化菌去除有機物、反硝化菌脫氮處理等。菌種是依靠新陳代謝來對廢水中的有機物進行分解，因此需要一定的時間讓廢水與菌種充分混合，才能達到理想的效果，反應時間相比化學處理長，但菌種處理效果顯著，成本低廉，運行過程中無需專人看管，使其得以廣泛應用。

污水處理藥劑和菌種處理各有其特點，總的來說，藥劑處理見效快，菌種處理成本低。在實際處理工程中，單一的處理方式往往難以取到良好的效果，特別是高難度有機廢水，一般需要采用多種方式聯合處理。

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