在一個以生物處理法為主的工業污水處理系統中微生物菌種的投加必不可少。然而值得注意的是微生物菌種對環境有一定的要求，不同微生物的要求不同，常常從水質濃度、波動、pH值、溶解氧、溫度、可生化性等方面進行控制。

一、負荷

水質濃度表現在負荷上，微生物反應器的負荷應控制在合理范圍內。

二、溶解氧（DO）

溶解氧對于好氧微生物來說較重要，好氧微生物以分子氧作為生物氧化過程的電子受體，廢水中溶解氧過低，會抑制微生物的有氧呼吸，溶解氧過高會使污泥自身氧化、解體，是水質惡化，因此，好氧微生物菌種投加的溶解氧應控制在2mg/L左右。

對于厭氧微生物來說，其生長不需要分子氧的參與，有分子氧的存在時反而會抑制其生長，因此厭氧微生物也需要為其創造無氧的環境條件。

兼性厭氧菌種是在有氧和無氧條件下均能生長，在有氧時進行好氧呼吸，無氧時代謝中間產物進行發酵作用。

三、溫度

溫度會影響酶催化、基質擴散到細胞的速率，溫度過高過低都會抑制微生物的生長，好氧微生物在15-30攝氏度之間活動旺盛，厭氧微生物在35或55攝氏度時活動旺盛。在冬季運行時應注意保溫。

四、pH值

pH值也是會影響代謝過程中酶活性的一個指標，不同微生物pH值使用范圍不同，超出這個范圍會引起微生物死亡。因此投加菌種時應注意所投加的菌種pH耐受值是多少，切忌盲目投加。

五、可生化性

廢水的可生化性表現在是否營養均衡和有否有抑制物質這兩個方面。無論好氧還是厭氧微生物，其細胞組成都由C、H、O、N、P、S、K、Mn、Mg等元素構成，缺少其中一種元素都不能使微生物進行有效的生理活動，因此，常常需要向廢水中投加微生物缺乏的營養物質。缺少氮可以投加尿素、硫酸銨農用化肥。廢水中具有有毒有害、抑制微生物生長的物質，就需要慎重進行選擇、投加菌種，絕大部分工業有毒化工廢水可生化性較低，通常需要采用毒性閾值較高的菌種進行處理。

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