制藥廢水因為其高濃度、有毒、有害、難生化降解的特點，制藥廢水處理方法在生化處理前進行必要的預處理，將廢水中對活性污泥微生物有毒成分去除，并采取必要的方法提高廢水的可降解性，使廢水有效的處理。制藥廢水常用的處理方法大多為：物化法、化學法、生物法等。

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制藥廢水處理方法物化法主要有混凝沉淀法、氣浮法、吸附法和吹脫法等；化學法主要有混凝法、Fe-C處理法、Fenton試劑法、深度氧化法、濕式氧化法、超臨界氧化法等；生物法主要有序批式間歇活性污泥法（SBR法）、普通活性污泥法、生物接觸氧化法、上流式厭氧污泥床法（UASB法）、復合式厭氧反應器等。但物化法的不足之處為：會產生大量的污泥，出水pH值較低，含鹽量高，氨氮的去除率較低等?；瘜W法的缺點為：會產生大量化學污泥，流程復雜，出水不能直接排放等。生物法的缺陷表現在：廢水需要大量稀釋，運行中泡沫多，易發生污泥膨脹，剩余污泥量大，去除率不高，常必須采用二級或多級處理。

制藥廢水種類繁多，屬于高濃度有機廢水，水中含有大量的高濃度、大分子，因此選擇什么樣的治理技術路線取決于廢水的性質。制藥廢水普遍具有濃度高、色度深、可生化性較差的特點，一般都是通過預處理以提高廢水的可生化性和初步去除污染物，再結合采用生化方法處理。雖然傳統的處理方法很多，各有優缺點，但在實踐中發現，單獨使用任何一種制藥廢水處理方法，均不能使出水水質達到國家排放標準。

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