物化處理不僅可作為生物制藥廢水處理工序的預處理，有時還可作為醫藥廢水的單獨處理工序或后處理工序。在醫藥廢水處理中采用的物化法有很多，因不同的制藥廢水而不同。

（1）氣浮法

將空氣以微小氣泡的形式通入含有疏水性物質(如乳化油或相對密度近于1.0的細小懸浮顆粒)的水中，使粘附在氣泡上的污染物隨氣泡上浮至水面，從而達到與水體分離的目的。通常包括充氣氣浮、溶氣氣浮、化學氣浮和電解氣浮等多種形式。氣浮法適用于懸浮物含量較高的廢水的預處理，具有投資少、能耗低、工藝簡單、維修方便等優點，但不能有效地去除廢液中可溶性有機物，尚需其它方法作為進一步的處理。某制藥廠采用渦凹氣浮設備處理醫藥廢水，在適當的藥劑配合下，COD的平均去除率可在25%左右。

（2）吸附法

利用多孔性固體吸附劑，使水中一種或多種物質被吸附在固體表面上，從而予以回收或去除的方法稱為吸附法。吸附劑的種類很多，有活性炭、活化煤、吸附樹脂以及腐殖酸類吸附劑等。某制藥公司采用爐渣-活性炭吸附來處理醫藥廢水，處理后廢水COD濃度大幅度削減至75%，效果顯著，而且投資小、操作方便。

除了上述幾種常用的物化處理方法外，某些生物制藥廢水還采用反滲透法和吹脫法等。反滲透法可實現廢水濃縮和凈化的目的，吹脫法可降低氨氮含量。也可用離子交換、膜分離、萃取、蒸發與結晶、磁分離等。

綜上所述，使用單一的工藝處理生物制藥廢水很難使廢水達標排放，所以需要利用各個工藝的優勢進行組合，以達到處理效果。

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