制藥工業污水污染物排放標準除控制常規因子外,還要針對各類制藥生產的具體情況,對特征污染因子加以控制,否則也將對生態環境和人體健康造成嚴重危害，制藥工業污水污染物排放標準的控制指標包括以下三類。

(1)常規污染物：TOC、COD、BOD₅、SS、pH、氨氮、色度、急性毒性。

(2)特征污染物：總汞、總鎘、烷基汞、六價鉻、總砷、總鉛、總鎳、總銅、總鋅、氰化物、揮發酚、硫化物、硝基苯類、苯胺類、二氯甲烷。

（3)總量控制指標單位產品基準排水量。

隨著我國制藥工業的發展,制藥工業污染物按照《污水綜合排放標準》(GB8978-1996)已不能適應制藥企業發展和環境管理的需要,新的《制藥工業水污染排放標準》于2008年8月1日起開始實施,但在執行上對新建企業和現有企業作了區別對待。

現有企業于2009年1月1日起開始執行規定的水污染物排放限值,自2010年7月1日起執行新建企業于2008年8月1日開始執行的水污染物排放限值。而在國土開發密度較高、環境承載能力開始減弱或環境容量較小、生態環境脆弱而容易發生嚴重水環境污染問題需要采取特別保護措施的地區,現有和新建制藥企業均應執行水污染物特別排放限值;執行水污染物特別排放限值的地域范圍和時間,由國務院環境保護主管部門或省級人民政府規定。由此可見,我國對新建制藥企業提高了行業環保的準入門檻,而對現有制藥企業廢水排放有期限地要求達到愈加嚴格的限值標準。

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